次世代シークエンサーPlatform主催 「次世代シークエンサー勉強会」
次世代シークエンサーPF 主催、次世代シークエンサーを利用したゲノム・エピゲノムの網羅的解析についての勉強会（H23年度）についてお知らせします。
概要・第1回勉強会
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第2回勉強会
- 日 時： 2011年4月20日（水）18：00～
- 場 所： 医学部1号館2階第二セミナー室
- 演 者： 西田 有一郎（細胞増殖制御分野・助教）
- 紹介論文：
ChIP-seq: advantages and challenges of a maturing technology Park PJ.
Nature Reviews Genetics 10, 669-680 (October 2009)
ChiP-seqは転写制御因子のゲノム上での結合部位やヒストンのメチル化といったエピジェネティックな修飾を
ゲノムワイドかつ網羅的に解析することができる手法です。勉強会ではこのChIP-seqの基本的な流れから、ドライにおける解析での考え方、例えば得られた配列データから転写制御因子結合部位をどのように推定するか等、をご紹介いたします。
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第3回勉強会
- 日 時： 2011年5月11日（水）18：00～
- 場 所： 医学部1号館2階第二セミナー室
- 演 者： 岡江 寛明（情報遺伝学分野・ポスドク）
- 紹介論文：
Comprehensive Mapping of Long-Range Interactions Reveals Folding Principles of the Human Genome Erez Lieberman-Aiden, et al.
Science 9 October 2009: 289-293.
次世代シークエンサーを用いた研究の大部分は①ゲノム配列の決定、②遺伝子発現解析 (RNA-seq)、③核酸-タンパク質間相互作用の解析 (ChIP-seqなど)、に分類されます。勉強会では上記以外の解析に次世代シークエンサーを利用した例として、核酸同士の相互作用解析を取り上げたいと思います。
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第4回勉強会
- 日 時： 2011年6月8日（水）18：00～
- 場 所： 医学部1号館2階第二セミナー室
- 演 者： 新堀 哲也 先生（遺伝病学分野・助教）
- 紹介論文：
Exome sequencing identifies the cause of a mendelian disorder.
次世代シークエンサーを用いたexome sequencingは、単一遺伝子病の病因遺伝子同定法として有力な手法であり、実際にこの手法を用いた報告が最近次々となされています。今回の勉強会では、その概要と実際に解析を行う場合に注意すべき点についてご紹介したいと思います。
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第5回勉強会
- 日 時： 2011年7月13日（水）18：00～
- 場 所： 医学部1号館2階第二セミナー室
- 演 者： 長嶋 剛史 先生（細胞増殖制御分野・助教）
- 紹介論文：
Computational methods for transcriptome annotation and quantification using
RNA-seq. Garber M, Grabherr MG, Guttman M, Trapnell C.
Nat Methods 8(6):469-477, 2011.
RNA-Seqは遺伝子発現解析や新規転写産物の同定における大変強力なツールです。
RNA-Seqによる個別生命現象の解析例やそのためのデータ解析手法についてここ3年程の間に
多くの報告が行われています。今回の勉強会ではRNA-Seqのデータ解析法の基本的な流れを
中心にいくつかの具体例を交えてご紹介したいと思います。
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第6回勉強会
- 日 時： 2011年8月10日（水）18：00～
- 場 所： 医学部1号館2階第二セミナー室
- 演 者： 山口 昌雄 先生（アメリエフ株式会社・代表取締役社長）
- 参考論文：
High-resolution characterization of a hepatocellular carcinoma genome.
Totoki Y. et al, Nat Genet. 2011 May;43(5):464-9. Epub 2011 Apr 17.
※今回の勉強会では、論文の紹介にフォーカスをあてるものではありませんので、
参考論文としてご覧ください。
次世代シーケンサーを用いたExome sequencingおよびTarget re-sequencingにより、SNPやIndelなどの多型検出はどのように行われているのか。また、擬陽性をどのようにフィルタリングするかなど、バイオインフォマティクスの現場を具体的なデータを交えてご紹介いたします。
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第7回勉強会
- 日 時： 2011年9月14日（水）18：00～
- 場 所： 医学部1号館2階第二セミナー室
- 演 者： 細金 正樹さん（細胞増殖制御分野・大学院生）
- 参考論文：
H3K27me3 forms BLOCs over silent genes and intergenic regions and specifies a histone banding pattern on a mouse autosomal chromosome.
Pauler FM, et al, Genome Res. 2009 Feb;19(2):221-33. Epub 2008 Dec 1.
次世代シーケンサーを利用したヒストン修飾のChIP-sequence解析では、得られたシーケンスデータから生物学的な意味を持つヒストン修飾領域を同定するアイディアが重要になります。紹介する論文はChIP-chipを主に利用している論文ですが、ChIP-sequenceにも応用可能なユニークなヒストン修飾領域同定方法を開発しています。勉強会ではそのアイディアを用いて明らかになってきた転写抑制性ヒストン修飾H3K27me3の生物学的機能についてご紹介させていただきます。
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第8回勉強会
- 日 時： 2011年10月12日（水）18：00～
- 場 所： 医学部1号館2階第二セミナー室
- 演 者： 松本 光代 先生 （生物化学分野・助教）
- 参考論文：
「Integrated genome-wide analysis of transcription factor occupancy, RNA polymerase II binding and steady-state RNA levels identify differentially regulated functional gene classes」
Mokry M, Hatzis P, Schuijers J, Lansu N, Ruzius FP,Clevers H, Cuppen E. Nucleic Acids Res. 2011, 1-11
ゲノム網羅的な転写因子の標的遺伝子の同定は、ChIP-seqの重要な利用目的の１つです。本論文は、「マイクロアレイやRNA-seqのデータと転写因子のChIP-seqのデータとの比較解析だけでなく、PolIIのChIP-seqを比較解析することで、RNAの産生と安定性を識別することができる。すなわち、より正確に直接制御する標的遺伝子の同定を含む、多様な制御メカニズムを同定できる」といった内容です。次世代シークエンスは利用度の高い、強力なツールです。目的に応じ、組合せを考えることで、より有意義な比較解析ができるのではないかという１つの例として紹介します。
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第9回勉強会
- 日 時： 2011年11月9日（水）18：00～
- 場 所： 医学部1号館2階第二セミナー室
- 演 者： 舟山 亮 先生 （細胞増殖制御分野・助教）
- 参考論文：
「Performance comparison of exome DNA sequencing technologies」
Michael J Clark, Rui Chen, Hugo Y K Lam, et al. Nature Biotechnology 29, 908–914 (2011)
全エクソンを対象としたターゲットリシークエンス解析（Exome-seq）は、遺伝子変異解析のスタンダードとなっています。今回の勉強会では、3社から販売されている
主要なエクソン濃縮kitの性能を比較した論文を紹介します。この性能比較を通して、効率的かつ正確に遺伝子の変異を解析するために注意する点を、主にサンプル調製の視点から考察します。
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